Il Servizio ha, tra le altre competenze, la tutela dello stato ecologico dei corpi idrici superficiali ricadenti nel territorio metropolitano. Viene svolta attività di controllo sulla qualità delle acque, con particolare attenzione ai corpi idrici presenti nelle tre riserve naturali gestite dall’Ente e sulla funzionalità degli impianti di depurazione a servizio delle reti fognarie comunali.
Quest’ultima attività rientra nella più ampia competenza della redazione e aggiornamento del catasto degli scarichi nei corpi idrici superficiali, demandata alle province sin dall’emanazione della L. 319/76 (Legge Merli) e confermata dalle normative nazionali e regionali (D.D.G. n. 829 del 02.10.2007).
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